Durante el rodaje, informa The Hollywood Reporter que el actor Rami Malek, quien interpreta a Mercury en la película, se quejó varias veces a la productora por la poca profesionalidad del director. Según la fuente, Singer y Malek mantuvieron una relación tensa durante el rodaje, hasta el punto que Singer llegó a lanzarle al actor un objeto, si bien su mala relación nunca llegó a las manos, según la fuente citada. Singer niega que su tensión con Malek haya influido en su despido y defiende que hasta antes de Acción de Gracias ambos habían logrado “dejar a un lado sus deferencias” por el bien de la película.
En un comunicado, Singer afirma que ‘Bohemian Rhapsody’ es un proyecto que le apasiona, y describe su versión de los hechos: “a menos de tres semanas de que terminase el rodaje, pedí a Fox tiempo libre para volver a Estados Unidos para ver a uno de mis padres, que sufre graves problemas de salud. Esta ha sido una experiencia muy difícil y que ha terminado afectando seriamente a mi propia salud. Desafortunadamente, el estudio no ha querido ayudarme y ha prescindido de mis servicios. Esto no ha sido decisión mía y ha estado fuera de mi control”.