El empadronamiento es para demostrar la vivienda habitual, y conforme a eso asignar y repartir los recursos de escala municipal (sanidad, sociales, educación etc). Y para los municipios eso implica aumento/reducción de financiación porque una parte es en función de la población.
A nivel de impuestos solo afectará a IBI y poco más, aunque si hay cambio de CCAA también te afectan los cambios tributarios autonómicos en esa parte de la Renta, pero en eso es lo mismo te empadrones en Barcelona o en el último pueblo del pirineo.