Sí, los modelos de los pokémon están hechos en HD, y son los que se han usado en GO. Cuando anunciaron Sun/Moon se vio una pantalla donde trabajaban en el modelo de Pikipek con un nivel de detalle superior a lo que se ve en el juego. Lo que yo decía era el motor del overworld y sus elementos.
De hecho lo más probable es que esos modelos sean los que usen en el título de Switch, pero con texturas mucho más detalladas. Y tiene sentido, porque puestos a hacer un trabajo tan pesado mejor hacerlo una vez y bien y luego ir actualizándolo si es necesario.
