@RadioFlyer, yo tomé Jerusalén como punto de apoyo para moverme por Israel, porque es lo más interesante, y porque está más o menos céntrico y bien conectado con autobuses. En Jerusalén, no te pierdas por nada la celebración del Sabbath y el barrio de Mea Shearim (donde viven los judíos ortodoxos). Eso sí, cuidado con hacer fotos en ambos sitios.
Fuera de Jerusalén, tienes las ruinas de Masada y el mar Muerto: te recomiendo la playa de Ein Gedi, que además tiene muy cerca (unos 15-20 minutos andando) un oasis que está protegido como parque natural, con cascadas y cabras saltando por la montaña. Si eres/sois un poco aventurer@s, no te dejes Palestina; negocias con un taxista en Beit Jala (donde está el muro) y “contratas” una excursión de un día entero (yo hice Belén, Heradion y Hebrón). Por supuesto, a Tel Aviv no le dediques más de una jornada, hay cosas mucho más interesantes por ver..
De Jordania, sólo te puedo hablar del sur, pero aparte de Petra, te recomiendo pasar una noche en el desierto de Wadi Rum, en un campamento beduino. Es toda una experiencia.