Iwata fue intervenido de un tumor en el conducto biliar en junio de 2014 celebrando que el cáncer había sido detectado a tiempo; sin embargo, llevaba meses sin asistir a varias comparecencias públicas importantes como la E3. Recientemente, fue elegido de nuevo presidente de Nintendo con casi un 84% de votos.
El ejecutivo era solo el cuarto presidente de Nintendo en sus 125 años de historia y el primer no Yamauchi en serlo. Su experiencia como programador de videojuegos hizo de él una «rara avis» en el sector y su objetivo como presidente de Nintendo era que sus juegos fueran capaces de establecer conexiones fuertes con los jugadores.