Berkowitz fundó Marilyn Manson junto a Brian Warner en 1990 y participó en los primeros conciertos del grupo, así como en la grabación de su primer disco, ‘Portrait of an American Family’, y por lo tanto en algunas de sus canciones más icónicas, como ‘Lunchbox’, ‘Get Your Gunn’ o ‘Dope Hat’. El guitarrista participó en parte también en la grabación de ‘Antichrist Superstar’, pero abandonó la formación durante la misma por diferencias artísticas con Manson.
Varios años después de su marcha de Marilyn Manson, Berkowitz inició su carrera en otros grupos como Three Ton Gate y Stuck on Evil, no sin antes llevar a Manson a los tribunales, en 1998, acusándole de incumplimiento de contrato y de impago de derechos de autor por su contribución a ‘Antichrist Superstar’. Posteriormente se le concedieron los derechos a 21 grabaciones inéditas de la formación anterior al primer disco del grupo, Marilyn Manson & the Spooky Kids.
Warner ha recordado a Berkowitz en Instagram, escribiendo: “Scott Putesky y yo hicimos muy buena música juntos. Hemos tenido nuestras diferencias a lo largo de los años, pero yo siempre recordaré más los buenos momentos. Todo el mundo debería escuchar ‘Man That You Fear’ en su honor. Esa era nuestra canción favorita”.