Yo es que no se si entiendo la duda. Si es respecto a que pase a llamarse de otra forma y cambiar sus pronombres no hay duda alguna, lo llamas como quiera que lo llamen, y si en tres años eso cambia, pues ha cambiado.
Si es respecto a temas de hormonación/operaciones, eso en un niño solo va a ocurrir si está totalmente seguro de querer hacerlo, y en ese caso será responsabilidad tuya como padre buscar ayuda para que le deriven a los mejores profesionales, para que lleven a tu hijo por su transición de la manera más segura posible. ahí, con todo el tiempo de valoración y la transición que es, en sí, un proceso largo, entiendo que sabrás ver si es algo seguro, y mucho más tú hijo. siempre hay un margen para revertir el proceso en el caso (diría que bastante improbable) de que tu hijo descubra que no quiere finalmente transicionar en ciertos niveles. me parece bastante difícil que alguien lleve a cabo una transición irreversible y después se arrepienta, y en el remoto caso de que eso ocurra, hay que pensar también que podría haber pasado si lo hubiéramos limitado (que es una realidad mucho más común y bastante más dañina)
vamos, que yo creo que con explicarle a un niño que su género es su género y que eso puede ir o no ligado a un cambio a nivel físico el niño va a saber distinguir con qué partes de su realidad no se siente a gusto.